شرکت آمایش و توسعه شرق با مراکز مختلف علمی و پژوهشی ملی و بین المللی و نیز سایر شرکتهای مختلف مشاور جهت همکاری در اجرای طرح ها ، تبادل تجارب و امکانات مختلف تفاهم نامه همکاری دارد . این مراکز به دو گروه ملی و بین المللی تقسیم می شود :
مراکز علمی و پژوهشی و شرکت های مطالعاتی ملی :
• فصلنامه علمی و پژوهشی تحقیقات جغرافیایی
• فصلنامه توانمندسازی زنان وجامعه پایدار
• پژوهشکده امیر کبیر
• بنیاد فرهنگ و تمدن کاوشگران میراث شرق
• شرکت سازآب شرق
• شرکت مهندسین مشاور طوس آب
• شرکت مهندسین مشاور سرو آب
• شرکت مهندسین مشاور کیانشهر
• شرکت مهندسی مشاور تحقیقات خاک مهارآب
• انتشارات پاپلی
مراکز علمی و پژوهشی و شرکت های مطالعاتی بین المللی :
• مرکز ملی تحقیقات علمی فرانسه ( CNRS )
• دانشگاه توبینگن آلمان
• دانشگاه گوته- فرانکفورت آلمان